第三世代（2002年11月－2006年8月）[ | ]
宠物小精灵第三世代，又称超世代，主要在Game Boy Advance上，冒险地图主要为丰缘地区（红宝石·蓝宝石·绿宝石版）/关都地区&七之岛（火红·叶绿版），包含以下游戏（以日本发售日期为主）
宠物小精灵 红宝石·蓝宝石版（ポケットモンスター ルビー・サファイア）：使用GBA主机，2002年11月21日发售。
宠物小精灵 火红·叶绿版（ポケットモンスター ファイアレッド・リーフグリーン）：使用GBA主机，为红、绿两版的重制作，2004年1月29日发售。
宠物小精灵 绿宝石版（ポケットモンスター エメラルド）：使用GBA主机，2004年9月16日发售。
宠物小精灵数目：丰缘图鉴202种／关都图鉴151种／全国图鉴386种
新增宠物小精灵：135种
初选宠物小精灵：木守宫、火稚鸡、水跃鱼（红宝石·蓝宝石·绿宝石）／奇异种子、小火龙、车厘龟（火红·叶绿版）
传说宠物小精灵：雷吉洛克、雷吉艾斯、雷吉斯奇鲁、拉帝亚斯、拉帝欧斯、盖欧卡、固拉多、烈空座
幻之宠物小精灵：基拉祈、代欧奇希斯
反派组织：火岩队、水舰队（红宝石·蓝宝石·绿宝石版）／火箭兵团（火红·叶绿版）
从此代开始，除了游戏画面出现重大改变，也增加了特性、性格等因素，此外还有宠物小精灵的华丽度，借此参加华丽大赛。战斗新增双打对战，环境也受当地天气影响，战斗环境除了可改变宠物小精灵的战斗力外，还可以改变招式的效果。